Aunque el poder de la monarquía es el poder supremo en la Edad Moderna, estaba acompañado del poder de la Iglesia que se manifiesta de muchas maneras. La Inquisición, por ejemplo, una institución creada por la monarquía pero muy vinculada a la Iglesia católica.
La Inquisición comienza a funcionar en Sevilla en 1481, siendo en esta ciudad donde se aprueban sus primeras reglas. Sevilla era sin duda un lugar perfecto para situar una sede permanente del Tribunal Inquisitorial: un gran centro mercantil abierto al tráfico de influencias de todos los lugares, minorías judeo-moriscas, conversos, prácticas luteranas… en definitiva una potencial fuente de herejía para los vigilantes de la ortodoxia de la fe.
Antes de trasladarse al Castillo de San Jorge en Triana, el Tribunal comenzó a funcionar en la casa grande de los dominicos en San Pablo. La Orden trataba por todos los medios de aventajar a su más próxima rival, la Orden Franciscana, y no tuvo problemas en convertir su convento en cárcel pasajera de herejes.
Un Inquisidor General era el máximo gobernador del cual dependían los tribunales locales integrados, en el caso sevillano y para esta época, por tres o cuatro inquisidores, un fiscal, un juez de bienes confiscados, un abogado del fisco, un alcalde de las cárceles secretas, un notario de secreto, un contador, un escribano, un nuncio, un portero, un alcaide de la cárcel perpetua, dos capellanes, seis consultores teólogos, seis consultores juristas, un médico, un barbero, un cirujano, un despensero y unos cincuenta familiares: el familiar era un servidor seglar, autorizado a portar armas y gozador de ciertos privilegios, que estaba siempre al servicio del Tribunal, que andaba siempre flaco de fondos nutriéndose de multas y confiscaciones.
Los condenados por el Santo Oficio eran de muy diversa condición, desde herejes a usureros y sodomitas, aunque el objetivo fundamental era la persecución de los falsos conversos, quienes eran juzgados y condenados en los famosos Auto de fe.
Su abolición fue aprobada en el marco de las Cortes de Cádiz en 1813, Fernando VII la restaura en 1814, su abolición definitiva no se produce hasta 1834, como vemos es una institución con un largo recorrido.